Ağızdan veya parenteral antifungal ajan, CNS enfeksiyonlarının tedavisinde özellikle yararlıdır. Sistemik mikoz tedavisi aylarca gerekebilir.
Dermatofitoz, onikomikoz, kandidiyazis ve Malassezia spp dermatitinin tedavisinde etkili olabilir.
İtrakonazol ile benzer etkinlik, ancak (şu anda) önemli ölçüde daha ucuzdur. İtrakonazolün aksine flukonazol, PO absorpsiyonu için asidik bir ortama ihtiyaç duymaz. Yemekle birlikte veya yemeksiz uygulanabilir.